盡管區塊鏈有許多的優點，但是與任何事情一樣，區塊鏈技術也有缺點。

首先就是處理能力問題，一些區塊鏈是“慢”的。區塊鏈以一定的速度移動（或處理信息），不同的區塊鏈以不同的速度移動。例如，比特幣網絡平均每 10 分鐘處理一次區塊。建議等待 6 次確認（即區塊），然后才能確信交易不會因 51% 攻擊而“逆轉”。6 次確認 * 10 分鐘 = 60 分鐘。在接受比特幣的商家（即咖啡店）的銷售點情況下，在客戶購買后等待一個小時給他們商品是不切實際的。這個缺點可以通過閃電網絡等第二層解決方案、具有更快確認時間的區塊鏈或其他技術來克服。

區塊鏈每個區塊只能處理一定數量的數據/交易。如果區塊鏈因使用而不堪重負，交易就會備份并且無法及時處理，類似于高速公路上的交通擁堵。這導致更長的等待時間和更高的費用，因為用戶相互競爭以更快地處理他們的交易。比特幣和以太坊經常發生這種情況。

儲存空間問題，隨著區塊鏈的老化，它們變得越來越大，需要越來越多的磁盤空間。在一定規模下，只有擁有大量磁盤空間的人才能保存完整的區塊鏈記錄。這減少了權力下放，并可能招致濫用或攻擊。

能源使用。隨著工作量證明區塊鏈的發展，它們需要越來越多的能源使用。根據能源的來源，如果能源正在造成傷害或有耗盡的風險（即燃煤電廠、化石燃料），這可能是有害的。

缺乏隱私。在像比特幣這樣的公共區塊鏈上，所有參與者的所有交易都可以在區塊鏈上看到。雖然身份在比特幣上是匿名的，但如果匿名身份被泄露，則可以跟蹤該人曾經進行的每一筆交易。這就像是用戶把自己的銀行對賬單向全世界開放一樣。在需要或需要隱私的情況下（不僅僅是出于非法目的），這是不可接受的。在這種情況下，應該使用具有隱私技術的區塊鏈。另一方面，當使用私有區塊鏈時，交易無法追蹤。對于希望跟蹤交易的當局和政府來說，這可能被視為一個缺點。

另外一個缺點也是區塊鏈的優勢之一不變性。從理論上講，一旦某物在區塊鏈上，它就永遠存在。在建立在區塊鏈上的社交網絡的情況下，這可能被視為一個缺點。使用傳統的數據庫驅動的社交網絡，可以編輯或刪除帖子。使用區塊鏈驅動的社交網絡，帖子永遠無法編輯或刪除。即使在區塊鏈（如網站或應用程序）之上構建了可以阻止、篩選或過濾帖子的附加層，任何擁有區塊瀏覽器的人都可以查看區塊鏈本身的原始帖子。因此，如果用戶改變主意或后悔在區塊鏈驅動的社交網絡上發布的內容，用戶將無法刪除它。

消除這些缺點中的每一個都是區塊鏈技術發展的載體，也是最新一代去中心化生態系統的載體。